Cette coopération renforcée s'inscrit dans le climat sécuritaire né après les attaques terroristes du 11 septembre 2001 et en application d'un principe de précaution compréhensible. L'accord intervenu au terme de délicates négociations continue cependant de soulever de multiples questions parmi les défenseurs des libertés individuelles. Les uns considèrent que les engagements pris par Washington ne sont pas assez contraignants pour assurer la protection et le bon usage des renseignements obtenus. Les autres regrettent que des données, recueillies à titre commercial, soient utilisées à des fins sécuritaires.

Si les exigences américaines peuvent contribuer à une lutte efficace contre le terrorisme, on a vu, de la zone de non-droit du camp de Guantanamo au recours à la torture en Irak, que celle-ci pouvait générer de dramatiques dérives. La plupart des groupes politiques du Parlement européen, à l'exception notable de la première force de l'hémicycle, le Parti populaire européen, dénoncent un précédent malencontreux.

La méthode employée par l'administration Bush avant la signature de l'accord avait suscité l'agacement des responsables européens. Washington s'était autorisé à faire pression sur les compagnies aériennes européennes. British Airways, Air France, Lufthansa et Iberia avaient été menacées de lourdes sanctions au cas où elles ne donnaient pas accès à ces fameuses données personnelles. Cette attitude ne prenait pas seulement le contre-pied de la législation européenne, soucieuse de la protection de ce type d'informations, elle constituait aussi un acte unilatéral, de nature à tendre encore davantage la relation transatlantique.